Turisteilua

Meillä on tässä viimeisen parin kuukauden aikana käynyt yhteensä neljä eri porukkaa suomalaisia vieraita ja sitä mukaa on myös itse tullut katsottua paikkoja turistin silmin. Eniten ollaan käyty Yorkissa, Englannin entisessä pääkaupungissa. Se on mielettömän idylinen kaupunki, siinä vaan on sitä jotain vanhan maailman tuntua. Lisäksi Esholt (Emmerdale kylä) sekä Manchester (etenkin ManUtd stadioni) on ollut haluttuja vierailupaikkoja. Tässäpä vähän fiiliksiä kuvina..

The Woolpack Esholtissa. Kaikki Emmerdale fanit varmaan tunnistaa ;)

York:in tuomiokirkko 

York

York

Knaresborough

Traditional Afternoon tea

Tyhmänä olemisen taito

Englantiin muuton jälkeen on tullut kohdalle monia hetkiä, joissa on saanut tuntea itsensä useampaankin otteeseen tyhmäksi. Niitä hetkiä kokee mm. McDonladsissa, kun myyjä joutuu kysymään kolme kertaa minkä juoman haluaisit tai silloin kun tajuat 5 vuotiaan lapsenkin puhuvan parempaa englantia kuin mitä itse puhut. 

Kaikista hassuimpia on ne hetket kun joku kysyy sinulta jotain ja päätät vastata, vaikket täysin ymmärräkään mistä on kyse. ‘Do you like flamenco – dancing?’ ja vastaat ‘Yes, the tea is very nice’. Näin kuului meillä olevan opiskelijan ja siivojan välinen keskustelu (siivoja puhui vahvalla Pohjois-Englannin murteella ja opiskelija juuri Englantiin saapunut Espanjalaistyttö).

Siinä vaiheessa kun kuvittelee ymmärtävänsä jotain, tulee se vaihe reissusta että joutuu käymään keskusteluita myös puhelimitse. Puhelimessa puhuminen on ehkä vaikein asia täällä ollessa. Joudut käymään keskusteluita uuden työpaikan, pankin, vuokrafirman, sähköfirman ja kavereiden kanssa. Töissä ollessasi kuulet puhelimen soivan lähettyvillä ja toivot mielessäsi että joku muu vastaisi puhelimeen.

Nyt kahdeksan kuukauden jälkeen pikkuhiljaa alkaa tuntumaan siltä, että töissä pärjää ja suurimman osan puhelimessa käytävistä keskusteluista ymmärtää. Seuraava haaste odottaakin jo oven takana, sillä pomoni pyysi minua pitämään esitelmän immunohistokemiallisesta värjäyksestä ja siitä tutkimuksesta mitä teemme täällä tällä hetkellä. Kuuntelemassa on lähinnä oma yksikkömme, mutta siltikin minua jännittää! Aihealue on itsellenikin melko uusi, joten uuden asian oppiminen, sen kääntäminen englanniksi ja sen esittäminen tiimille tuntuu ainakin tässä vaiheessa melkoiselta ponnistukselta. Lisäksi aurinko paistaa ulkona, sisälämpötila on yli 30 astetta ja päässä eikä päässä liiku yhtään fiksua ajatusta. Taitaa mennä powerpointin valmiiksi saamiseen vielä muutama viikko!

Histologiaa: blokkien leikkaaminen

Ajattelin töitä tehdessäni ottaa pari kuvaa blokkien leikkaamisesta ja kertoa vähän miten kudoksista saadaan ohuen ohuita leikkeitä ja niistä leikkeistä sitten katsottua soluja.

Meidän tutkimusryhmällemme tulee parafiinivahaan valettuja melanoomablokkeja ympäri Englantia. Emme siis itse käsittele tuorenäytteitä ollenkaan. Yleensä kun luomi/näyte leikataan, se fiksoidaan välittömästi laittamalla näyte formaliinia sisältävään purkkiin. Näin näytteessä olevat proteiinit ja solut säilyvät käytännössä muuttumattomana, eikä bakteerit yms. pääse tuhoamaan niitä. Tämän jälkeen näyte prosessoidaan, eli näytteissä oleva vesi poistetaan nousevalla alkoholisarjalla, xyleenillä ja lopuksi korvataan parafiinilla. Lopulta se on valmis valettavaksi kokonaan parafiiniin. Parafiini tukee näytettä leikkaamisvaiheessa. Tämä kaikki on kuitenkin jo tehty ennen kuin me pääsemme käsiksi näytteisiin.

Erilaisia ihonäytteitä parafiiniin valettuna

Blokit leikataan mikrotomilla. Siinä on erillinen kiinnistysalusta johon blokin saa kiinnitettyä. Yleensä blokki liikku vertikaalisti ylös ja alas ja samalla liikkuu halutun leikepaksuuden verran lähemmäksi terää. Myös muunlaisia mikrotomeja on. Terät voivat olla ruostumattomasta teräksestä tai jopa lasista ja niitä vaihdetaan vähän väliä, jotta terävyys pysyy. Niillä saa hyvin myös haavan sormeen.... :) Yleensä H&E-värjäyksiä varten halutaan 3-4µm paksuisia leikkeitä, mutta joskus leikataan myös paksumpia näytteitä.

Oikealla mikrotomi, keskellä pyöreä vesihaude

Jotta blokista saadaan leikattua ohuita näytteitä siististi, jäähdytetään blokkeja joko kylmälevyllä tai jäissä. Olen täällä työskennellessäni oppinut pitämään blokkeja styroxilaatikossa jossa on jäätä ja vähän kylmää vettä. Tuntuu toimivan aika hyvin ihonäytteille. Kylmälevy tuntuu joskus oleva jopa liian kylmä.

Kun leikkaaminen onnistuu ja leikkeitä syntyy, voidaan ne siirtää vesihauteeseen. Vesi on yleensä lämmintä, noin 45°C. Lämpimässä vesihauteessa leike suoristuu ja on näin ollen valmis nostettavaksi lasille. 

Hyvässä leikkeessä ei mielellään olisi ruttuja, eikä ilmakuplia. Parafiinissa olevat ilmakuplat tai rutut eivät haittaa, mutta jos itse leikkeessä näkyy selvä ruttu, niin kannattaa vielä yrittää leikata parempi leike. Joskus kudoksista ei vain saa hyvää leikettä millään ja silloin on tyydyttävä vähän huonompaan tulokseen. Tärkeintä on kuitenkin olla tuhlaamatta koko näytettä värjäyksiä varten, sillä kudokselle saatetaan myöhemmin tehdä muitakin tutkimuksia. Tutkimuslupaa hankkiessamme on etukäteen sovittu kuinka monta leikettä saamme ottaa kustakin näytteestä ja mitä muita tutkimuksia saamme tehdä.

Lasilla oleva väritön kudosnäyte

Kun leike on lasilla, se ilmakuivataan ja laitetaan n. 70°C olevalle lämpölevylle. Siinä leike kiinnittyy lasiin ja pysyy lasilla värjäyksien ajan. Leikkeet voidaan sen jälkeen värjätä ja soluja voidan katsoa mikroskoopilla.

Värjättyjä kudosnäytteitä

Sellaista töistä tänään :)

Romanttinen Wales

Pari viikkoa Walesin reissusta kulunut.. Pari viikkoa aikaa sulatella reissua ja siihen kuuluvia yllätyksiä. Pohjois-Wales oli ehkä upein paikka Englannissa, jossa olen itse tähän mennessä käynyt. Ja sinne on vain vähän päälle parin tunnin ajomatka! Pohjois-Walesiin kuuluva luonnonsuojelualue Snowdonia ja rannikkoalueet ovat vain niin täysin erilaisia maisemia verrattuna mihinkään mitä olen nähnyt. Joka puolella on korkeita vuoria, vanhoja metsiä, vesiputoksia ja linnoja. 

Beumaris Castle     

Paikalliset Walesissilaiset olivat mukavia ja aina valmiita kertomaan omasta maastaan. Meille ehkä kaikista yllätyksellisintä oli se, kuinka vahvasti Walesin kieltä käytetään etenkin Pohjoisessa. Kieltä halutaan vaalia ja monet puhuvat ainakin perheen kesken Walesia. Myös opetus on monessa paikassa edelleen Walesissiksi. Sanat eivät muistuta ollenkaan Englantia ja ainakin näin Suomalaisen suuhun siinä oli liikaa konsonantteja. Yhtenä ylpeyden aiheena Walessilaisilla onkin kylä, jonka nimi kaikessa yksinkertaisuudessaan on Llanfairpwllgwyngyllgogerychwyrndrobwyll-llantysiliogogogoch. Sitä lausuessa menee kieli melkoiselle sykkyrälle :D

Ensimmäisen yön hotelli

Toisena yönä nukuimme pylvässängyssä paikallisessa 

Blacboy Inn:ssa

Karnevaalitunnelmaa

Oli oikeastaan aika harmi tulla takaisin töihin tuolta reissulta ja sen jälkeen on ollutkin jotenkin tahkeaa mennä töihin. Viimeiset viikot ovat menneet lähinnä mikrotomilla työskennellessä ja Laser Capture Microdissectionin optimoimisen yrittämisellä. Emme meinanneet millään saada kyseistä laitetta toimimaan ihokudoksille ja turhautumista oli ilmassa. 

D-vitamiinitutkimus, johon näillä näkymin osallistun myös verinäyteenottajana, ei ole vielä alkanut. Potilastyötä varten olen nyt käynyt testaamassa kaikki vasta-aineet tarvittuja rokotuksia varten ja varannut pari tuntia kestävän näytteenottokoulutukseen. Päätimme kaikki mennä verestämään muistoja näytteenotosta kyseiseen koulutukseen. Näytteiden kerääminen alkaa sitten heinäkuusta eteenpäin, joten katsotaan miten se homma etenee sitten. Ehkä se työinto taas siitä nousee kun saa ihan erilaisia hommia. Onneksi töissä voi fiilistellä Walesin muistolla ja vähän realistisemmillakin tuliaisilla ;)

Beaumaris

Cable car:it Llandudnossa

Caernarfronin linna

Koti-ikävää ja etelän tuulahduksia

Huh, pääsiäisen lomat tuli ja meni yhtä nopeasti kuin lomat aina tahtovat mennä. Olimme ensimmäistä kertaa tänne Englantiin tulomme jälkeen Suomessa lomalla. Vietimme loman oikeissa turistifiiliksissä, kävimme avantouimassa, pääsiäskokolla, pilkillä, hiihtämässä sekä paistamassa makkaraa ja lettuja nuotiolla. Kaikkea sitä mitä normaalisti Suomessa asuessa tuli harvemmin harrastettua. Aurinko paistoi koko ajan ja mahatautia lukuunottamatta Suomi näytti kyllä kaikki parhaat puolensa viikon aikana. Leedsin tullessamme olikin yllättävän haikea fiilis ja yhtäkkinen koti-ikävä tunne alkoi kalvaa. Viikonloppu menikin sitten haikeillessa Suomeen ja kuuntelemalla J. Karjalaista ja muita Suomihittejä.

Maanantaina oli aika palata arkeen ja kiireessä koti-ikäväkin alkoi hellittää. Meille oli kaiken kukkuraksi saapunut uusi harjoittelija Kanariansaarilta ja hänen kotiuttamiseen uusiin töihin ja Leedsiin piti meidän kaikki kiireisenä. Hän oli nimittäin saapunut jo viikonloppuna Leedsiin ja päätynyt vuokraamaan huoneen epämielyttävältä alueelta. Houkuttelin hänet asustelemaan meille siihen asti että hän löytää sopivamman asunnon. Nyt meillä on siis ollut pari viikkoa kämppiksenä iloisen rento Espanjalainen. Mukavaa vaihtelua normaalille arjelle. Ennen kaikkea espanjalaiset ruat ja uudet reseptit ovat olleet tervetulleita! Saatiin jopa vihdoin ja viimein pidettyä tuparitkin kun ainakin yksi varma vieras oli tiedossa ;)

Töissä olen pikkuhiljaa alkanut suunnitella omat viikkoni ja samalla alan ymmärtämään kuinka paljon hommia on kertynyt vuosien varrella rästiin. Näytteiden tietojen kirjaaminen uuteen tietokone-ohjelmaan, vanhojen blokkien leikkaaminen immunohistokemiallisiin värjäyksiin ja kaikkien uusien näytteiden valmistelu ja prosessointi... Töitä siis riittäisi vaikka kuinka monelle kuukaudelle, mutta onneksi  mitään aikarajaa ei ole esitetty eikä kiireen tuntua näin ollen synny. Kunhan omaan tahtiin touhottaa menemään. Lisäksi mainitsin yhdelle tutkimushoitajalle osaavani ottaa verikokeita ja koko porukka innostui heti. Nyt sitten selvitellään pystynkö virallisesti ottamaan verikokeita ja tulisiko minun tehdä mahdollisesti lisäkoulutusta ottaakseni näytteitä. Käytännössä tutkimushoitajia on tutkimusryhmässämme vain kaksi ja he tekevät täysin toisistaan eroavia tutkimuksia, joten apu ilmeisesti tulee tarpeeseen. Olen oikeastaan aika innoissani ajatuksesta päästä tapaamaan potilaita, ja vaihtelu normihommiin voisi olla melko kivaakin! Mutta katsotaan nyt miten loppujen lopuksi käy.

Ihana kevät tekee tuloaan ja puissa alkaa lehdet jo näkyä! Mennäänkin tänä viikonloppuna nauttimaan keväisestä ilmasta Lontooseen ja ensi viikon viikonloppuna sitten kohti Walesia (ensimmäistä kertaa ikinä). Ollaan molemmat ihan innoissamme Walesistä, kumpikaan kun ei ole siellä käynyt. Täytyy laittaa sitten reissuista kuvia, jos niitä vaan muistaa nappailla lomailun ohessa.

Melanooma metsästämässä

Ihosyöpiä on erilaisia, mutta monet varmasti mieltävät melanooman melkeinpä synonyymiksi ihosyövän kanssa. Melanooman sanotaankin olevan vaarallisin, yhtenä syynä sen kyky levitä kehossa etäpesäkkeidensä avulla. 

Melanooma on yleistynyt, sillä aurinkolomilla ja solariumissa käydään yhä enemmän ja enemmän. Auringon ultraviolettisäteily onkin yksi suurimmista melanooman syntyyn vaikuttavista riskitekiöistä. Auringon vaikuttamien ihoalueiden lisäksi melanooma voidaan todeta ns. harvinaisille alueilta, joihin ultraviolettivalon ei tulisi vaikuttaa. Näitä on muun muassa kyynnen alla oleva iho, genitaalialueet, silmät tai jalanpohjat. Tutkimusryhmämme onkin hyvin kiinnostunu (kaiken muun lisäksi) näistä 'harvinaisen alueen' melanoomista, sillä niiden syntyyn voidaan suuremmalla varmuudella ajatella olevan perinnöllisiä.

Espanjan rantatunnelmia viime syksyltä

Tutkimusryhmämme on tutkinut paljon taudin taustaa ja syitä, miksi ihminen sairastuu melanoomaan. Tutkimuskysymysten asettelu on kuitenkin hieman muuttumassa, sillä nyt halutaan tietää enemmänkin hoidosta; miksi joillekin hoidot toimivat ja toisille ei. Oman työni aloittamiseen oli syynä tällaisten tutkimusten aloittaminen joita ovat mm. Interferoni- ja kemoterapiahoitoja saavien potilaiden kudosnäytteiden tutkiminen. 

Leikkauksen lisäksi kemoterapiaa käytetään standardihoitomuotona melanoomaa sairastavalle potilalle (solusalpaajat kuten Dakarbatsiini). Sen sijaan Immunomodulaattoreita kuten alfainterferonia käytetään potilailla, joilla ajatellaan olevan suuri riski sairastua uudestaan melanoomaan. Tutkimusryhmämme haluaakin kerätä kudosblokkeja potilaista, jotka ovat saaneet jompaa kumpaa hoitoa ja selvittää löytyykö eri mutaatioista syy siihen, miksi lääke tehoaa tai ei tehoa. Tutkimme potilaista koko genomin sekä teemme paljon muita tutkimusia sen lisäksi. Yleisesti ottaen katsomme tuumorin morfologian sekä teemme immunohistologisia värjäyksiä. Näiden tutkimusten avulla yritämme löytää yhtäläisyyksiä myös hoidon toimivuudesta. 

Kudosleike, jossa nähdään ihokudokseen leviävää melanoomasolukkoa

Uusia aiheeseen liittyviä tutkimustuloksia tulee varmasti koko ajan. Uusimpina täsmähoitoina mm. BRAF- mutaatiopositiivisille potilaille annettava vemurafenibin, joka siis tehoaa vain niille potilaille, joilla on BRAF-geenin mutaatio. Näitä mutaatioita on kuitenkin jopa puolella melanoomaa sairastavista. Suomessa lääkettä on ilmeisesti käytetty tutkimuskäytössä parin vuoden ajan.

Uutena edistysaskeleena voidaan pitää myös D-vitamiinin tutkimista syöpää ehkäisevänä aineena. D-vitamiinin puutoksella tiedetään olevan vaikutusta mm. rintasyöpään. Tämän takia muun muassa meillä halutaan ymmärtää D-vitamiinin vaikutuksesta syöpäsoluun sekä tutkia voisiko D-vitamiinin antamisesta potilaalle olla todellista hyötyä. Hassua onkin ajatella, että liika auringon saanti altistaa ihosyövälle, mutta siitä saatava D-vitamiini vaikuttaa kuitenkin olevan tärkeä keino myös ehkäistä sitä. Tästä vakuuttuneena myös minä sain hankittua vihdoin ja viimein kalanmaksatabletteja kotiin :)

Työt

Saatiin tänään vihdoin ja viimein netti uuteen asuntoon, joten oli aika kirjoittaa blogiakin välillä. Yli kaksi viikkoa mennyt edellisestä kirjoituksesta (sekä Leedseen muutosta) JA yli kuukausi siitä kun aloitin työt yliopistolla. Paljon tohinaa on siis ollut.

Neljä viikkoa töitä yliopistolla siis takana ja paljon uusia oppeja takataskussa. Olen joutunut opiskelemaan aika paljon lisää melanoomasta, lukemaan siihen liittyviä uusia artikkeleita ja miettimään solujen toimintaa. Tutkimuspuolella olemisen haaste onkin varmaan se, ettei menetelmiä ja tietoa löydykään netistä tai ohjekirjoista, vaan kaikki pitää itse kehitellä ja arvioida.

Ensimmäisenä kahtena viikkona harjoittelin lähinnä yliopiston potilastietojärjestelmän (tai oikeastaankin näytejärjestelmän) käyttöä ja sinne kirjaamista sekä mikrotomilla leikkaamista. Periaatteessa siis leppoisa alku, sillä olen aiemmi työskennellyt kesän histologian laboratoriossa Suomessa (leikaten mikrotomilla mm. ihonäytteitä). Aloittaessani yliopistolla tuntui kuitenkin siltä, etten olisi koskaan edes nähnytkään mikrotomia, saati leikannut sellaisella. Kaikilla yliopiston mikrotomeilla työskenneltiin seisoma-asennosta eikä pöytiä voinut säätää ollenkaan oman pituuden mukaan. Lisäksi suurin osa mikrotomeista oli lähinnä manuaalisesti toimivia iäkkäitä rotaatiomikrotomeja, joissa ei ollut aikaisemmin käyttämieni laitteiden tavalla yhdistettynä vesihaudetta. Joten haastetta riitti pelkästään ohuen leikkeen kuskaamisessa kuumavesihauteeseen. Näiden haasteiden lisäksi leikkasin terällä myös sormeeni ja jouduin täyttämään vinon pinon tapaturmalomakkeita :)

Kolmannella viikolla harjoittelin RNA:n ja DNA:n eristämistä parafiiniblokeista. Parafiiniblokeista otetaan muutaman millin paksuinen 'core' eli ohuella neulalla otettava pieni pala siitä solupopulaatiosta joka halutaan eristää blokista. Neula on kiinnittetty sille tarkoitettuun laitteeseen, jonka avulla blokin saa kohdistettua H&E lasille tehtyjen merkintöjen kanssa. Käytännössä tosi helppokäyttöinen systeemi. Itse eristysprotokola oli simppeli myös, vaikkakin työläs (useita pipetointivaiheita).

Viime viikolla aloitimme sitten immunohistokemiallisten värjäysten optimoimisen ja niiden arvioinnin. Meidän tuli päättää mitä antigeeniä (proteiinia) lähtisimme seuraamaan ja millä asteikolla arvioimme värjäytymistä/esiintymistä. Itselle oli aiheessa paljon uutta opittavaa sillä en ole koskaan tehnyt vastaavaa. Ensi viikolla on taas uusia asioita edessä kun aloitamme laser capture microdissection:in teon urakalla..

Eli semmoista olemme puuhailleen viimeisen kuukauden ajan. Yritän jossain vaiheessa lisätä kuvia töistä, mutta tällä hetkellä kuvasaalis on melko huono :(